Efter fire udsættelser er dødsdømt blevet hængt. Hans støtter påstår, at han blev torteret til at tilstå.
Pakistan har eksekveret en af de mest omdiskuterede dødsstraffe i landet. Kort før daggry tirsdag blev Shafqat Hussein henrettet ved hængning i et fængsel Karachi.
Det bekræfter hans bror og en fængselskilde over for nyhedsbureauet AFP.
Hussein var dømt for i 2004 at have dræbt en syvårig dreng. Sagen har vakt international opmærksomhed, fordi hans advokat og familie hævder, at han kun var 15 år på drabstidspunktet og erklærede sig skyldig under tortur.
Menneskeretseksperter fra FN har kritiseret sagen mod Hussein for ikke at leve op til internationale standarder og har opfordret Pakistan til at efterforske påstandene fra hans støtter.
Dødsdommen er flere gange blevet udsat.
Mandag opfordrede myndighederne i Kashmir, hvor Shafqat Hussein kommer fra, Pakistans præsident til at gribe ind og sørge for, at sagen blev undersøgt til bunds. Men henrettelsen blev gennemført som planlagt.
Den skulle have fundet sted i januar, men Husseins advokater fik den udskudt fire gange og forsøgte at skaffe beviser for, at han var under 18 år, da drabet skete, og dermed ifølge pakistansk lov ikke kan idømmes dødsstraf.
Pakistans efterretningsvæsen har på ordre fra regeringen undersøgt påstanden om Husseins alder og kom frem til, at han var voksen.
Pakistan har hængt omkring 180 dømte siden december sidste år.
Inden da var ingen blevet henrettet siden 2008, men det seks år lange stop for dødsstraf blev ophævet, efter at militante fra Taliban dræbte næsten 150 personer, heraf 132 børn, på en skole i den nordvestlige by Peshawar.