Med en udligning til 1-1 til sidst i kampen sørgede Rosenborg for, at Leipzig ikke gik videre i Europa League.
Det var lige ved og næsten for RB Leipzig og Yussuf Poulsen, da holdet torsdag havde mulighed for at spille sig videre i Europa League.
Men drømmen om avancement blev ødelagt, efter at det blev til 1-1 hjemme mod Rosenborg, der havde Mike Jensen i startopstillingen.
Rosenborg udlignede til kampens slutresultat med små ti minutter tilbage af opgøret og sendte tyskerne ud i EL-mørket.
RB Leipzig var ellers gået videre, hvis holdet havde vundet, fordi søsterklubben Red Bull Salzburg besejrede Celtic med 2-1 i den anden kamp i gruppe B torsdag.
I stedet tager skotterne gruppens andenplads og billetten til 16.-delsfinalerne i foråret. Salzburg går videre som suveræn etter i gruppen efter at have vundet alle seks kampe.
Yussuf Poulsen startede på bænken i torsdagens kamp mod Rosenborg. Den danske landsholdsspiller blev dog skiftet ind efter pausen og spillede resten af opgøret.
Nicklas Bendtner var ikke med i Rosenborgs kamptrup. Den danske angriber blev udeladt, fordi han på mandag skal til et afsoningsmøde i København, for at finde ud af hvordan han skal afsone den dom på 50 dages fængsel, han for nylig fik for vold mod en taxachauffør.
Det så længe ud til at blive en perfekt aften for RB Leipzig.
To minutter inde i anden halvleg bragte Matheus Cunha tyskerne foran, da brasilianerens skud fra kanten af feltet blev rettet af af en Rosenborg-forsvarer og sneg sig i mål.
Cirke 20 minutter senere scorede Red Bull Salzburg mod Celtic, og så var vejen banet for, at begge Red Bull-klubber kunne gå videre.
Men Leipzigs aften blev ødelagt, da Tore Reginiussen i det 86. minut headede bolden i mål til kampens slutresultat.
AC Milan endte også med en lang næse torsdag.
Den italienske storklub lå på andenpladsen i gruppe F før den sidste gruppekamp mod græske Olympiakos.
Alligevel var det grækerne, der endte med billetten til knockoutfasen med en sejr på 3-1 over milaneserne.
Olympiakos var foran 2-0, inden gæsternes Cristián Zapata, der med et selvmål to minutter tidligere havde udbygget grækernes føring, reducerede til 1-2.
Italienerne var gået videre med det resultat, men i det 81. minut fik Olympiakos et straffespark, som Konstantinos Fortounis sendte i kassen.
Det blev kampens sidste mål, og så var grækerne videre.
Arsenal cementerede torsdag førstepladsen i gruppe E med en 1-0-sejr over Qarabag fra Aserbajdsjan. London-klubbens mål blev scoret af Alexandre Lacazette efter 12 minutter.