Det europæiske samfund fortsætter ifølge paven med at udskyde beslutninger og fremstår ofte ukoordineret.
Pave Frans giverlørdag nationalistisk splittelse i EU skylden for manglende koordinering af migrationen til det europæiske kontinent.
Paven fremsætter kritikken af EU kort efter sin ankomst til Athen, hvor han vil forsøge at skabe bedre relationer mellem Vatikanet og Grækenlands ortodokse kirke.
- Det europæiske samfund fortsætter med at udskyde vigtige beslutninger. EU fremstår til tider som blokeret og ukoordineret i stedet for at være en maskine for solidaritet i forbindelse med migration, siger pave Frans.
Han er længe gået i brechen for flygtninge. Han vender søndag tilbage til øen Lesbos, som han også besøgte i 2016 - i begyndelsen af migrationskrisen.
Den 84-årige pave Frans er den første pave, som besøger den græske hovedstad siden Johannes Paul den II var i Athen i 2001. Dette pavebesøg var det første i Athen siden det store skisma indtraf i 1054, da patriarken af Konstantinopel brød med paven i Rom og den romersk-katolske kirke.
I Athen mødte paven EU-Kommissionens næstformand, Margaritis Schinas, den græske præsident, Katerina Sakellaropoulou og premierminister Kyriakos Mitsotakis. Han skulle derefter have møder med ærkebiskop Jeronymos.
Pave Frans fordømte fredag på skarpest mulige vis forholdene i migrantlejre under et besøg i Cypern. Han talte blandt andet om "slaveri" og "tortur". Det skete under en messe i hovedstaden Nicosia.
- Det minder os om det seneste århundredes historie - om nazisterne, om Stalin, og så undrer vi os over, at den slags kunne finde sted, sagde paven.
- Det, der skete dengang, sker i dag ved kyster tæt på os, lød det.
Migranters forhold og broderskab har været hovedtemaer i pavens besøg. Besøget blev indledt torsdag.