Situationen i Kunduz er kompleks, så det kan tage tid at kortlægge angreb på hospital, siger Carter.
Der vil komme en tilbundsgående og åben undersøgelse af, om det amerikanske militær spillede en rolle i ødelæggelsen af Læger uden Grænsers hospital i byen Kunduz i Afghanistan lørdag.
Det siger USA's forsvarsminister, Ash Carter, samme dag som Læger uden Grænser meddelte, at dødstallet efter angrebet er steget til 22.
Carter advarer imidlertid om, at situationen på landjorden er kompleks. Det vil tage tid at finde frem til kendsgerningerne i Kunduz, som er skueplads for voldsomme kampe mellem Taliban-oprørere og afghanske sikkerhedsstyrker.
- Vi ved, at amerikanske fly var indsat i Kunduz-området, og vi ved, at bygningerne, som I kan se i nyhederne, blev ødelagt, siger Carter til journalister i forbindelse med et besøg i Spanien.
- På nuværende tidspunkt kan jeg bare ikke sige, hvad forbindelsen er, siger forsvarsministeren.
Han afviser at begive sig ud i spekulationer om, hvad der kan være sket, men lover, at USA vil holde "enhver ansvarlig for at have gjort noget, de ikke skulle have gjort".
Søndag krævede Læger uden Grænser en uafhængig, international undersøgelse af luftangrebet, som hjælpeorganisationen betegner som en krigsforbrydelse.
Læger uden Grænser mener, at det er utilstrækkeligt med en undersøgelse foretaget af det amerikanske militær.