Jernbanebyggeri skal tage hensyn til både flagermuse og orkideer i Alslev Skov.
Banedanmark skal skåne en meget sjælden orkidéart, når den dobbeltsporede Sydbane skal føres gennem Alslev Skov.
Især øst, men også vest for banestrækningen gennem skoven, vokser storblomstret hullæbe. Den står som andre sjældne art på en såkaldt rødliste, og den har været fredet siden 1991.
Storblomstret hullæbe vokser 11 steder i Danmark, som er den nordligste grænse for blomstens udbredelse. En af de største kolonier er netop i Alslev Skov, hvor der vokser 31 eksemplarer af denne art. Her har den gode voksebetingelser, fordi Alslev Skov er en kystnær bøgeskov med kalkrig jord. Og der er ikke intensiv skovdrift.
I Banedanmark vil man derfor lægge det nye ekstra spor mellem Orehoved og Nørre Alslev vest for det eksisterende spor, så hovedlokaliteten for den sjældne orkidé skånes.
Det kommende sporarbejde skal også tage hensyn til de mange flagermus, der findes i skoven. Ifølge miljøredegørelsen findes der syv arter af flagermus i skoven. En af dem er dværgflagermus, der yngler i et skovbryn i skovens sydlige ende.