Brøndby-debutanten Peter Bjur pyntede på resultatet, da Brøndby-fejl fortsatte i 1-3-nederlag ude mod Braga.
Forsvarsfejlene fra sidste uge fortsatte torsdag aften for Brøndby, der er færdig i Europa League efter ny nedtur mod Braga.
Portugiserne vandt på hjemmebane med 3-1 og er sikkert videre til fjerde og sidste kvalifikationsrunde til gruppespillet, hvor Spartak Moskva bliver sidste forhindring.
Brøndby skulle forsøge at kæmpe sig tilbage efter et nederlag på 2-4 på eget græs, men håbet begyndte hurtigt at smuldre.
Efter små 20 minutter bragte hjemmeholdet sig foran, efter en serie af fejl i Brøndbys bageste geledder.
Fra baglinjen satte Hjörtur Hermannsson målmand Marvin Schwäbe under pres med en aflevering. Keeperen spillede i panik bolden hen i fødderne på Joao Palhinha, der nemt gjorde det til 1-0.
Umiddelbart før pausen blev det så 2-0, da Andre Horta fra kanten af feltet hamrede bolden i mål. Her var Brøndby-forsvareren Paulus Arajuuri ikke helt uden skyld, da han headede bolden hen til portugiseren.
Det begyndte at ligne en gentagelse af sidste uges mareridt, hvor en kamp mellem to hold på nogenlunde samme niveau, endte med en dansk nedsmeltning.
Efter pausen var Bragas Wilson Eduardo tæt på, da han tordnede bolden på overliggeren.
Eduardo fik dog chancen igen lidt senere, da værterne blev tildelt et straffespark, som var hårdt dømt. Det blev dog brændt, men 1-0-målscoreren Palhinha var hurtigt over returen og øgede til 3-0.
De danske gæster kom til nogle få muligheder, men Brøndby-træner Niels Frederiksen vidste hurtigt, at der ikke var noget at komme efter.
Allerede i pausen pillede han topscorer Kamil Wilczek og formstærke Dominik Kaiser ud på bænken. Det virkede som et tydeligt tegn på overgivelse.
Med et kvarter tilbage gav Frederiksen også førsteholdsdebut til 19-årige Peter Bjur - søn af Brøndby-legenden Ole Bjur.
Fem minutter før slutfløjt lykkedes det debutanten at få reduceret for gæsterne.
Blot et enkelt dansk hold har fortsat chancen for at nå et gruppespil i Europa i denne sæson. I Glasgow blev FC Midtjylland sendt ud af Rangers FC, mens Esbjerg i forrige runde tabte til hviderussiske Shakhtyor Soligorsk.
FC København kan dog stadig nå gruppespillet, hvor Riga FC står i vejen for en plads i Europa League.