Juncker siger, at meningen er at supplere Nato-samarbejdet, som 22 af de nuværende EU-lande er medlemmer af.
EU bør have sit eget militære hovedkvarter og arbejde hen imod en fælles europæisk militærstyrke.
Det foreslår EU-Kommissionens formand, Jean-Claude Juncker, onsdag i sin årlige State of the Union-tale i Europaparlamentet i Strasbourg.
Juncker siger, at meningen er at supplere Nato-samarbejdet, som 22 af de nuværende EU-lande er medlemmer af.
- Mere europæisk forsvar betyder ikke mindre transatlantisk solidaritet, siger han.
Med Storbritannien på vej ud af EU-samarbejdet mister EU en atommagt, der dog samtidig har været imod ethvert skridt i retning af noget, der bare ligner en EU-hær.
Men ifølge Juncker er tiden nu inde til et stærkere Europa på forsvarsområdet.
- Sammen må vi sikre, at vi beskytter vores interesser, siger EU-Kommissionens formand.
- Vi kan ikke længere være afhængige af enkelte EU-landes militære styrke.
Juncker vil samtidig have oprettet en europæisk forsvarsfond inden årets udgang.
Sådan en fond kan aktivt stimulere research og udvikling på forsvarsområdet, siger han.
Mangel på samarbejde på forsvarsområdet koster hvert år europæisk industri mellem 20 og 100 milliarder euro, mener han.
Det svarer til mellem 150 og 750 milliarder kroner om året.
EU har gennem de seneste 10 år gennemført over 30 militære og civile missioner.
- Men vi har ikke en permanent struktur, og uden den kan vi ikke arbejde effektivt, siger Juncker.
Han siger, at verden bliver større hver eneste dag, men Europa bliver både demografisk og økonomisk mindre dag for dag.
- Hvis vi vil bevare vores indflydelse i verden, er det indlysende, at vi skal arbejde sammen. Det er sammen, vi vil være i stand til at håndtere udfordringer, siger EU-Kommissionens formand.
Europa er "en blød magt", men det er ifølge Juncker ikke nok i en verden, der bliver stadig mere farlig.
Konflikten i Syrien har store konsekvenser i Europa, og derfor bør EU-landene også spille en større rolle i løsningen af konflikten, mener kommissionens formand.
- Det, vi har brug for, er en europæisk udenrigsminister, der kan samle de nationale diplomatiske styrker for at veje ind i internationale forhandlinger, siger Juncker.
Han mener samtidig, at EU's udenrigschef, Federica Mogherini, bør have en plads ved forhandlingsbordet, hvor Syriens fremtid bliver afgjort.