Det kan få konsekvenser, hvis EU-landene ikke håndhæver regler for modtagelse af flygtninge og asylansøgere.
19 af EU's medlemslande, heriblandt Tyskland og Frankrig, risikerer at blive straffet af EU-Kommissionen, fordi de ikke har implementeret de regler, der gælder for EU's fælles asylpolitik.
Det siger kommissionens næstformand, Frans Timmermans, mens EU's ledere er ved at samles til onsdagens topmøde om flygtningekrisen.
- Det er på tide, at medlemslandene lever op til deres ansvar og gør, hvad de skal, siger Timmermans ifølge AFP.
- Et fælles asylsystem kan kun fungere, hvis alle lande respekterer reglerne, siger han.
Kommissionen retter den hårdeste kritik mod Grækenland, som får sit andet brev med en advarsel på grund af hele den måde, landets modtagelse af flygtninge og asylansøgere fungerer på, skriver nyhedsbureauet TT.
19 af de 28 medlemslande har forpligtet sig til at følge de fælles EU-regler på asylområdet. Danmark er et af de lande, der står uden for samarbejdet.
Reglerne omfatter både flygtningenes ankomst, registrering, behandling og rettigheder, mens de venter på en afgørelse i deres asylsager.
De fælles regler lå klar i juli, men de hundredtusinder af flygtninge og migranter, der er rejst ind i EU-landene i de seneste måneder, har lagt stort pres på systemet, og det har afsløret splittelse inden for EU.
Timmermans siger, at kommissionen har taget de første skridt i 40 tilfælde, hvor EU-lande har overtrådt reglerne, og sendt breve til de pågældende lande.
I forvejen har EU-Kommissionen udpeget 35 tilfælde, hvor reglerne er overtrådt.
Blandt andet har nogle af landene især i Østeuropa lukket deres grænser i et forsøg på at bremse den massive flygtningestrøm. Det er i strid med Schengen-reglerne.
Timmermans siger, at "det vil være den eneste måde at genoprette tilliden til Schengen-området", hvis reglerne bruges, som de skal.