De to Balkan-lande vil sende alle migranter undtagen syrere, irakere og afghanere tilbage.
Serbien og Makedonien er begyndt kun at lade migranter fra Syrien, Irak og Afghanistan passere grænserne. Alle andre bliver afvist, oplyser FN's Flygtningehøjkommissariat (UNHCR).
En talskvinde for UNHCR siger, at det betyder, at mange hundrede mennesker er strandet ved grænserne.
- Fra klokken 18 i går begyndte Serbien at sende alle undtagen syrere, irakere og afghanere tilbage (til Makedonien red.), fortæller UNHCR's talskvinde.
- Makedonien lukkede grænsen klokken tre (torsdag morgen), og omkring 100 mennesker er strandet i ingenmandsland, siger hun.
Hundredtusinder af flygtninge og migranter har passeret de to lande under deres forsøg på at komme ind i EU. De fleste er søgt til Tyskland og Sverige.
En højt placeret kilde i makedonsk politi fortæller, at hans regering har reageret, efter at EU-landet Slovenien, der ligger på den europæiske flygtningerute, havde informeret landene i regionen om, at det selv vil begynde at sortere i migranterne.
- De vil sende alle andre tilbage på grundlag af, at de er økonomiske migranter, siger kilden.
Størstedelen af de migranter, der bevæger sig op gennem Europa, er syrere, irakere og afghanere.