Grænsekontrollen gælder for Øresundsbroen og færgetrafikken til Danmark og Tyskland, lyder det.
Ifølge Sveriges indenrigsminister, Anders Ygeman, vil den svenske regering indføre midlertidig grænsekontrol fra torsdag klokken 12.
Det skyldes det store pres fra flygtninge og migranter, som er nået til Sverige i den seneste tid. Sverige forventer at modtage op mod 190.000 alene i år.
Beslutningen blev præsenteret på et pressemøde klokken 20 onsdag aften.
- Sverige er det land i Europa, som har taget største ansvar under flygtningekrisen. Nu er det på tide, at andre lande tager ansvar.
- Danmark tog fattet imod beskeden. Det er en ny situation for dem, siger den svenske indenrigsminister.
Det fremgår endnu ikke, hvad der skal ske med dem, som bliver afvist ved grænsen.
Anders Ygeman præsenterede det sammen med Migrationsverket, der svarer til Udlændingestyrelsen i Danmark.
Migrationsverket er under et ekstremt pres, sagde indenrigsministeren på pressemødet, og ifølge ham har Migrationsverket anmodet om grænsekontrollen.
Den midlertidige grænsekontrol kommer til at gælde Øresundsbroen og færgetrafikken fra Danmark og Tyskland og vil træde i kraft torsdag klokken 12.
Schengen-undtagelsen om "en alvorlig trussel mod den offentlig orden eller indre sikkerhed er opfyldt", lyder det på pressemødet.
Under særlige omstændigheder er det tilladt for et Schengen-land kortvarigt at genindføre grænsekontrol ved landets indre grænser.
Den politiske kommentator Ewa Stenberg har onsdag overfor Ritzau givet udtryk for, at beslutningen måtte komme før eller siden, efter at oppositionens største parti, Moderaterna, kom med ønsket.
- Prisen for at overtræde EU-reglerne er for høj, så jeg tror ikke, at Moderaternes forslag bliver gennemført i fuldt omfang, men jeg tror, at regeringen og oppositionen er parat til at træffe beslutninger om midlertidig grænsekontrol, sagde hun.
Ifølge Moderaternas forslag skal flygtninge og migranter, der kommer fra andre EU-lande, sendes tilbage til dette EU-land for at blive registreret.
Tidligere på dagen sagde Sveriges statsminister, Stefan Löfven, at han ikke var afvisende over for ideen.
- Vi har jo ikke udelukket grænsekontrol, og vi følger situationen meget nøje dag for dag, time for time. Vi lytter naturligvis til myndighederne, så det er ikke noget, der er blevet udelukket på nogen måde, sagde han ifølge nyhedsbureauet TT.