Iransk minister bekræfter kontakt til houthierne, men de må stå til ansvar for egne handlinger, siger han.
Mens mange vestlige lande har lukket deres ambassader i bekymring over en shiitisk gruppes voldelige magtovertagelse i Yemen, har Iran søndag sendt det første fly til landet i mange år.
Omsider har magthaverne i de to lande samme religiøse udgangspunkt, den shiitiske forståelse af islam.
Søndagens landing er sket efter en historisk luftfartsaftale, der netop er indgået mellem de to lande. På flyet fra Maham Air var et større hold fra Røde Kors og en gruppe iranske embedsmænd.
Aftalen betyder, at Mahan Air får 14 ugentlige flyvninger til den yemenitiske hovedstad Sanaa, hvor de shiitiske houthierne erobrede magten i slutningen af januar.
Præsident Abd-Rabbu Mansour Hadi, som er flygtet efter at have siddet i husarrest under houthiernes styre, kalder aftalen "ulovlig".
- Dem, som har underskrevet aftalen, vil blive draget til ansvar, siger præsidenten.
Iran er i Vesten blevet beskyldt for at stå bag den shiitiske gruppe, hvis voldelige fremmarch bekymrer lande som USA, Saudi-Arabien og Tyskland.
Irans viceudenrigsminister, Majid Takht-Ravanchi, bekræftede under et besøg torsdag på den iranske ambassade i København relationerne til den shiitiske gruppe.
Men regeringen i Teheran vil ikke tage ansvar for houthiernes magtovertagelse i Yemen.
- Vi har gode relationer til houthierne, og vi har kontakt med dem. Men de er ansvarlige for egne handlinger. Dem kan vi ikke bære ansvaret for.
- Vi prøver at udnytte vores potentiale til at gøre Mellemøsten til en stabil region, fordi det er i vores interesse, siger Majid Takht-Ravanchi.
Det iranske styre er shiitisk ligesom houthierne, som har fortrængt den sunnimuslimske regering i Yemen.
Den tidligere regering i Yemen var støttet af USA og Saudi-Arabien, og de tre lande havde et samarbejde om blandt andet at bekæmpe al-Qaeda. Houthierne bekæmper dog fortsat al-Qaeda.