Tyrkiet informerede et syriske konsulat om operation ind i Syrien, men det ventede ikke på tilladelse.
Den syriske regering siger i en erklæring på det statslige tv søndag, at en tyrkisk militær operation i det nordlige Syrien er "en grov aggression", og Damaskus vil holde Ankara ansvarlig for dens følger.
I erklæringen fra den syriske regering hedder det, at Tyrkiet havde informeret det syriske konsulat i Istanbul om operationen, men det havde ikke ventet på at få Syriens samtykke.
Det tyrkiske militær havde forinden meddelt, at det natten til søndag udførte en "succesfuld" operation ind i Syrien for at evakuere tyrkiske soldater, der har vogtet et mausoleum, der officielt er tyrkisk territorium.
Tyrkiets premierminister, Ahmet Davutoglu, bekræftede søndag morgen missionen på Twitter.
Enklaven, der ligger 35 kilometer fra grænsen til Tyrkiets hovedland, huser et mausoleum for bedstefaren til Osman 1., grundlæggeren af det Osmanniske Rige, der var forløberen for det moderne Tyrkiet. Derfor har det haft stor betydning for Tyrkiet at forsvare graven.
Men nu har Tyrkiet evakueret de omkring 40 soldater, der menes at have stået vagt om stedet. Det kan muligvis skyldes, at Islamisk Stat har gjort fremskridt i området, hvilket den tyrkiske regering allerede sidste år udtrykte bekymring over.
Islamisk Stat og andre islamistiske grupper, der har en streng fortolkning af islam, anser gravsteder som det tyrkiske som værende afgudsdyrkelse, og de har i flere tilfælde ødelagt monumenter, der havde stor betydning for andre religioner og befolkningsgrupper.
Ahmet Davutoglu siger, at de jordiske rester af Suleyman Shah, der ligger begravet på stedet, nu skal flyttes til et andet område af Syrien, der er mere sikkert.
Det tyrkiske militær oplyser, at der ikke var nogle kampe i forbindelse med evakueringen, men at en tyrkisk soldat ved et uheld mistede livet.