21 mennesker er bekræftet døde efter oversvømmelser, og 18 viser ingen livstegn, men her mangler bekræftelse.
Voldsomt regnvejr og oversvømmelser kan have kostet mindst 40 mennesker livet i Japan.
Det skriver nyhedsbureauet Reuters mandag morgen dansk tid.
Imens fortsætter regnvejret, som særligt har ramt den sydvestligt beliggende japanske ø Kyushu.
Floder kan gå over deres bredder, og der er blevet meldt om nye evakueringer.
Allerede nu er omkring 200.000 mennesker blevet evakueret.
21 er bekræftet døde på grund af oversvømmelser og jordskred.
Derudover er der 18 mennesker, som ikke viser livstegn og antages at være døde. Her venter den officielle bekræftelse dog.
13 mennesker er fortsat savnet, fortæller Yoshihide Suga, talsmand for den japanske regering.
- Jeg sender mine dybfølte kondolencer til dem, der er døde under det voldsomme regnvejr, siger han ifølge Reuters.
Omkring 40.000 soldater fra det japanske militær har været involveret i redningsmissioner.
Ifølge AFP benytter redningsarbejdere gummibåde og helikoptere for at nå frem til de strandede.
Tv-billeder viste søndag hvordan, hvordan en helikopter redder folk omgivet af mudret vand i sikkerhed, skriver nyhedsbureauet.
Redningsaktionen fortsætter mandag lokal tid.
- Redningsarbejderne fortsætter utrætteligt eftersøgningerne denne morgen, siger en talsmand for de lokale myndigheder til AFP.
Oversvømmelserne er den værste naturkatastrofe i Japan, siden tyfonen Hagibis ramte i oktober sidste år. Her døde 90 mennesker.
Japan oplever næsten hvert år oversvømmelser, når regnsæsonen rammer landet i begyndelsen af sommeren.
Men redningsarbejdet i år er blevet yderligere kompliceret på grund af udbruddet af coronavirus.
De evakuerede bliver sat til at vaske hænder, bære masker og opretholde fysisk afstand for at undgå, at et større udbrud af coronavirus kommer oveni problemerne.