Der har ifølge professor ikke været taget højde for flytteudgifter i sygehusbudgetter, der løbende er slanket.
Sparekniven truer ansatte og patienter på Aarhus Universitetshospital.
Region Midtjylland har haft ekstra udgifter på én milliard kroner til at flytte de fire gamle sygehuse sammen og samle det i et nyt supersygehus.
Nu skal sygehuset finde besparelser for 325 millioner kroner, og de første fyringer venter formentlig allerede på mandag.
De øvrige supersygehuse, der er på vej andre steder i landet, kommer formentlig til at opleve lignende udfordringer.
Det forudser professor Jakob Kjellberg fra Vive - Det Nationale Forsknings- og Analysecenter for Velfærd.
- Man har haft fokus på opførelse og tilpasning af de her byggerier. Og så har der ikke været en buffer til udgifter til sammenflytning af flere adresser.
- Jeg tror, at vi i et vist omfang vil se samme situation for de andre supersygehuse, siger han.
Udover Aarhus er der supersygehuse på vej i Aalborg, Herning, Odense, Hillerød og Køge.
Region Midtjylland har oplyst, at det har kostet én milliard kroner at samle de fire sygehuse til én matrikel.
Der har eksempelvis været udgifter på 250 millioner kroner til dobbeltdrift under sammenlægningen, ligesom den fysiske flytning beløber sig til 100 millioner kroner.
- Der burde selvfølgelig have været etableret en buffer til den slags udgifter, men så ville det have været svært at komme i mål med de ønsker, der har været til byggeriet, siger Jakob Kjellberg.
- Der har været en løbende tilpasning af ambitioner og budgetter i nedadgående retning flere gange, siger han.
Aarhus er speciel i forhold til de andre planlagte supersygehuse, idet der er tale om fire matrikler, der samles under ét tag.
Men professoren forudser alligevel, at flere af de øvrige projekterede supersygehuse kan ende i samme situation.
- Jo flere matrikler, der flyttes sammen, jo mere kompleks bliver puslespillet. Sygehuset i Skejby er nok tæt på at være det mest komplekse af de nye supersygehuse, siger han.
Formand for Region Midtjylland Anders Kühnau (S) mener, at staten bør bidrage med 600 millioner kroner til milliardregningen.
Sundhedsminister Ellen Trane Nørby (V) siger til Lokalavisen Århus, at der er tale om en alvorlig situation for det østjyske sygehus.
Hun mener, at regionens styring af milliardprojektet har slået fejl.
- Vi er nødt til at drøfte det efter et valg. For det er tydeligt, at regionen ikke længere kan styre deres ting, siger hun til avisen.