Der skal lægges kilometervis af nye rør, og prestigeprojektet bliver 1,3 milliarder kroner dyrere end ventet.
Byggeriet af Niels Bohr-bygningen til Københavns Universitet bliver omkring 1,3 milliarder kroner dyrere end forventet.
Det svarer til en budgetoverskridelse på mere end 80 procent.
Det viser en rapport fra revisionsfirmaet Ernst & Young, oplyser Transport-, Bygnings- og Boligministeriet.
Statens prestigebyggeri skulle ellers have været leveret i slutningen af 2016, men det er endnu uvist, hvornår det vil stå klar.
Bygningsstyrelsen har ikke reageret i tide på de udfordringer, som projektet har været i, skriver ministeriet.
Bygningsstyrelsens direktør fratræder sin stilling.
Det får også andre konsekvenser, siger transport-, bygnings- og boligminister Ole Birk Olesen i en pressemeddelelse.
- Ernst & Youngs rapport er alvorlig læsning, og der er behov for en hurtig og resolut styrkelse af styringen af statens byggeprojekter.
- Derfor overflyttes anlægsprojekter fra Bygningsstyrelsen til Vejdirektoratet midlertidigt, siger ministeren.
Det sker, efter at det er kommet frem, at 2,5 kilometers ventilationssystemer og VVS-rør er installeret fejlagtigt.
Dermed skal der udskiftes flere kilometer rørinstallationer.
Tidligere i år blev den spanske entreprenør Inabensa, som havde ansvaret for ventilation og VVS i byggeriet, fyret.
Ventilationskanalerne i bygningen skulle være af pvc for at tåle syre ifølge anvisningerne. Men de kanaler, som blev lagt, er af aluminium, og de skal derfor nu udskiftes.
Desuden blev der imod bygningstegningerne ført varmerør gennem lokaler med servere, hvor en regulering af temperaturen er vigtig.
Den store forsinkelse og fordyrelse skyldes ifølge styrelsen et "stort og helt usædvanligt svigt" i kvaliteten af arbejdet fra den spanske entreprenør.
I juli oplyste styrelsen Folketinget om, at "en række af disse svigt har været umulige at opdage ved et normalt tilsyn".