Tusindvis af migranter kan nu uhindret fortsætte mod deres foretrukne destination i Europa.
Hundredvis af migranter og flygtninge er sent fredag steget om bord på busser i den centrale del af Ungarns hovedstad, Budapest.
Cirka 65 busser stillet til rådighed af myndighederne er ifølge nyhedsbureauet dpa natten til lørdag på vej mod landegrænsen til Østrig.
Her kan de nu uhindret krydse grænsen videre til Tyskland, hvis de vil.
Det er regeringerne i Tyskland og Østrig blevet enige om sent fredag, oplyser Østrigs kansler, Werner Faymann, ved midnatstid på Facebook.
- På grund af den kritiske situation ved den ungarske grænse er Østrig og Tyskland blevet enige om i dette tilfælde at lade flygtningene fortsætte deres rejse gennem deres lande, skriver Faymann.
Røde Kors i Østrig forventer i nattetimerne at tage imod mellem 800 og 1500 personer i deres grænsenære modtagecentre.
- Vi er ved at gøre senge, ly, mad og varme drikke klar til dem, og der vil også være lægehjælp at få, siger talsmand Thomas Horvath ifølge Reuters.
Aftalen mellem Tyskland, Østrig og Ungarn er kommet i stand, efter at der i flere uger har været en kaotisk flygtningesituation i Ungarn.
Landet har med et omstridt pigtrådshegn forgæves forsøgt at holde migranterne ude af landet.
Premierminister Victor Orban har undervejs påpeget, at det ikke kan være Ungarns problem, at Tyskland vil tage imod alle syriske flygtninge.
Han talte fredag aften i telefon med Østrigs kansler Waymann, der gjorde det klart for sin ungarske kollega, at regeringerne i både Wien og Berlin nu forventer handling fra regeringen i Budapest.
- Til gengæld (for at åbne grænsen, red.) forventer vi, at Ungarn lever op til sine europæiske forpligtelser, herunder sine forpligtelser i forhold til Dublin-forordningen, skriver Werner Faymann i sit Facebook-opslag.
Dublin-forordningen er den aftale, som siger, at flygtninges asylsager skal behandles i det første EU-land, de kommer til.
Den ungarske regering har de seneste dage sendt busser ud for at opsamle migranter og flygtninge, som var på vandring gennem landet, og de har fået et tilbud om at blive kørt til den østrigske grænse.