Med to mål i tillægstiden vandt Dortmund, mens Bayern smed point ude mod Freiburg.
Borussia Dortmund er tilbage på førstepladsen i Bundesligaen efter en hjemmesejr på 2-0 over Wolfsburg.
Det blev en kendsgerning, fordi Bayern München samtidig spillede 1-1 ude mod Freiburg.
Det betyder, at Dortmund nu fører ligaen med 63 point, mens Bayern på andenpladsen har 61 point inden de sidste syv spillerunder.
Længe så det ellers ud til, at begge tophold skulle sætte point til, men det ændrede Dortmund på i de døende minutter.
Paco Alcácer blev den store helt, da han scorede to gange i dommerens tillægstid.
De 90 minutter var netop rundet, da han buldrede et frispark i mål fra straffesparksfeltets bue. Tre minutter senere cementerede han sejren, da han sparkede bolden hårdt i mål efter et kontraangreb.
Thomas Delaney spillede hele kampen for Dortmund, mens Jacob Bruun Larsen blev skiftet på banen til det sidste kvarter.
Bayern München fik en skrækkelig start på sin udekamp og kom bagud allerede efter to minutter.
Christian Günter sendte et indlæg ind i feltet, hvor Lucas Holer perfekt dirigerede bolden ind ved den ene stolpe.
Bayern svarede dog tilbage midtvejs i halvlegen. Efter et hjørnespark og et par afslutninger tog Robert Lewandowski bolden til sig og sparkede den akrobatisk i mål til udligning.
Men mere blev det altså ikke til for Bayern, der inden runden lå nummer et i kraft af en bedre målscore.