Udnævnelsen af ministeren kommer, efter at Bolsonaro har fået skarp kritik for sin håndtering af pandemien.
Brasiliens præsident, Jair Bolsonaro, vil udpege kardiologen Marcelo Queiroga til ny sundhedsminister.
Queiroga bliver den fjerde sundhedsminister i Brasilien under coronapandemien, der har sat landets sundhedsvæsen voldsomt under pres.
- Det blev besluttet i eftermiddags at udnævne læge Marcelo Queiroga til sundhedsminister, siger Bolsonaro mandag aften lokal tid.
Han tilføjer, at overgangsprocessen vil tage omkring "en uge eller to".
Meldingen fra Bolsonaro kommer, få timer efter at den nuværende sundhedsminister, Eduardo Pazuello, fortalte på et pressemøde, at præsidenten ønsker at erstatte ham for at "omorganisere" ministeriet.
Udnævnelsen af Marcelo Queiroga sker, efter at Bolsonaros regering har fået hård kritik for sin kaotiske håndtering af pandemien og for at benægte alvoren af den.
- Fra nu af indleder vi en mere aggressiv fase med hensyn til bekæmpelsen af virusset, siger den højreorienterede Bolsonaro uden at give yderligere detaljer.
Den seneste smittebølge i Brasilien har skubbet hospitalerne i over halvdelen af landets 27 delstater på randen af et kollaps. Det har fået statsguvernører til at kræve flere restriktioner i et forsøg på at bremse virusset.
Før nyheden om sin tilbagetræden oplyste Eduardo Pazuello, at den brasilianske regering har købt 100 millioner doser af covid-19-vaccinen fra Pfizer og BioNTech.
Ifølge Pazuello bør vaccinedoserne blive leveret inden september.
Han fortalte samtidig, at yderligere 38 millioner doser af Johnson & Johnsons vaccine, der modsat de fleste andre vacciner kun kræver ét stik, efter planen vil blive leveret i anden halvdel af 2021.
Brasilien har siden februar oplevet en voldsom stigning i antallet af nye smittetilfælde.
Ifølge en opgørelse fra Johns Hopkins University er der under pandemien registreret over 11,5 millioner smittetilfælde i Brasilien og 279.286 coronarelaterede dødsfald. Det er det højeste coronadødstal i verden efter USA.