Det er uhensigtsmæssigt, at EU-lande tager ensidige skridt. De skal være proportionelle, siger von der Leyen.
EU-Kommissionen vil fredag præsentere retningslinjer for, hvordan man kan udføre helbredsscreeninger på grænser mellem EU-lande under det aktuelle udbrud af coronavirus.
Meldingen fra formanden for EU-Kommissionen, Ursula von der Leyen, kommer, efter at Tjekkiet har sagt, at landet vil lukke dets grænser.
- Rejseforbud ses ikke af WHO som det mest effektive skridt, siger von der Leyen.
EU's kommissær for indre anliggender, Ylva Johansson, vil præsentere disse retningslinjer på et møde med EU-landene fredag.
Ud over Tjekkiet, som har varslet en reel grænselukning, har en håndfuld lande indført eller varslet mere eller mindre kontant kontrol. Polen har indført screening på grænsen.
Von der Leyen advarer mod, at EU-lande træffer foranstaltninger, der begrænser den fri bevægelighed. Det er bedre at koordinere dem i EU, mener hun.
- Det får altid en dominoeffekt, siger hun.
Hun siger, at hun har været i tæt kontakt med Tyskland og Frankrig om situationen, og de to store EU-lande er parat til at koordinere deres initiativer med EU.
EU-Kommissionen vil desuden oprette en særlig fond, der skal hjælpe dem, der rammes økonomisk af coronavirus. Den er på 37 milliarder euro.
EU-kommissær Margrethe Vestager har allerede givet det første medlemsland - Danmark - grønt lys til at give statsstøtte til virksomheder ramt af corona-initiativer. Det skete torsdag.
Det er et kompenserende tiltag rettet mod virksomheder, som tjener penge på arrangementer med mange mennesker. EU-Kommissionen kan også skaffe støtte til store virksomheder, der bliver ramt.
- Hvis større selskaber har behov for støtte, og det kan være flyselskaber, og det kan være andre, som er hårdt ramt, kan vi give hurtig hjælp, siger Vestager.
Hun understreger fredag, at man løsner på reglerne for statsstøtte.
EU er parat, hvis det bliver nødvendigt, til at give regeringer mulighed for at sikre, at bankerne har tilstrækkelig likviditet.
Vestager siger, at EU-Kommissionen arbejder på en kompensationsordning for turistindustrien og transportsektoren.