Lederen for Det Muslimske Broderskab, Mohammed Badie, er blevet anholdt, skriver nyhedsbureauet Reuters. Badie har været øverste leder siden 2010.
En sikkerhedskilde siger til nyhedsbureauet AFP, at Mohammed Badie blev arresteret i byen Marsa Matrouh, der ligger 293 kilometer vest for Alexandria og 442 kilometer vest for hovedstaden Kairo.
Politiet sporede Mohammed Badie til byen, der ligger tæt på grænsen til Libyen, men broderskabet leder forsøgte ikke at flygte ud af landet, vurderer kilderne.
Egyptiske myndigheder udstedte tidligere torsdag en arrestordre på Mohammed Badie.
Også hans næstkommanderende i broderskabet blev krævet fængslet. Det er imidlertid uvist, om Khairat el-Shater ligeledes er blevet arresteret.
Samtidig oplyser retslige myndigheder i Egypten, at der er indledt en efterforskning mod den nu forhenværende præsident Mohamed Mursi samt 15 andre islamister for at have "fornærmet den dømmende magt".
Derudover har alle 16 fået forbud mod at rejse ud af landet. Det er det andet formelle forbud til Mursi, siden Egyptens magtfulde hær afsatte politikeren fra Det Muslimske Broderskab ved et militærkup onsdag aften.
Den nyindsatte overgangspræsident, Adli Mansour, har sagt, at Det Muslimske Broderskab er en del af folket og hilses velkommen til at "opbygge nationen".
Der er ingen nærmere oplysning om, hvor den afsatte præsident Mursi befinder sig.
Den øverstbefalende for hæren, Abdel Fattah al-Sisi meddelte onsdag, at forfatningen er sat ud af kraft, at parlamentet er opløst og præsidenten sat fra bestillingen.
/ritzau/Reuters