Ngo melder om tusinder af uregelmæssigheder under valgdagen søndag, men det afviser valgkommission.
Russiske valgmyndigheder har annulleret valgresultater i fem distrikter, hvor der er mistanke om uregelmæssigheder.
I byen Tjumen i Sibirien var der et tilfælde af, at der blev puttet ekstra stemmesedler i boksene i valglokalerne, forklarer valgkommissionen på Twitter.
To steder i Dagestan var der problemer med stemmeboksene, siger lederen af valgkommissionen, Ella Pamfilova, ifølge statslige russiske medier.
Det er ikke umiddelbart klart, hvad disse problemer bestod i.
Valgkommissionen er desuden i gang med at undersøge påståede uregelmæssigheder på to valgsteder i regionen Kemerovo i Sibirien i det østlige Rusland.
Resultaterne fra disse to valgsteder er annulleret.
Uafhængige observatører fra ngo'en Golos har meldt om mere end 3000 uregelmæssigheder eller tilfælde af valgfusk i løbet af valgdagen søndag.
Blandt andet skulle der ifølge de frivillige observatører i Golos have været tilfælde, hvor valgobservatører blev nægtet adgang til stemmelokaler.
Det afviser lederen af valgkommissionen, selv om aktivister har postet videoer på sociale medier.
Pamfilova siger, at der er "mindst dobbelt så få" uregelmæssigheder ved dette valg som ved det seneste præsidentvalg i 2012. Dét valg var præget af alvorlige problemer, skriver nyhedsbureauet AP.