Demonstranter i både er rasende over en italiensk-fransk togstrækning, som blev diskuteret på mødet.
Et mindre søslag udspillede sig tirsdag mellem demonstranter og politi i Venedigs kanaler, da den franske præsident mødtes med Italiens premierminister for blandt andet at diskutere en omstridt togstrækning.
Ved Markuspladsen rettede italienske urobetjente vandkanonerne mod demonstranter, som er vrede over en aftale om en højhastighedsbane mellem Italien og Frankrig.
Politiets både sprøjtede vand mod omkring 20 små både, hvoraf nogle forsøgte at passere politiets blokade på vandet.
Demonstrationen udspillede sig, mens François Hollande og Matteo Renzi mødtes i Venedig for blandt andet at underskrive en aftale, der skal sætte skub i opførelsen af togbanen TAV (Treno Alta Velocita).
Ifølge kritikere af strækningen, der skal gå mellem Lyon og Torino, vil banen ødelægge en uberørt dal i Alperne. Den kan muligvis føre til forurening med asbest, mener de.
Togprojektet er budgetteret til 8,4 milliarder euro, hvoraf 40 procent kommer fra EU's kasse.
EU har et program, der støtter strategiske transportforbindelser mellem unionens medlemslande.
TAV ventes at kunne stå færdig før 2030.
Tilhængere af togstrækningen siger, at den vil fjerne tusindvis af lastbiler på de overbelastede veje i Alperne, når den engang er klar.