Mindst 60 palæstinensere blev dræbt, og tusinder blev såret under uroligheder ved Israels grænse mandag.
Tyrkiet gav tirsdag Israels ambassadør i Ankara besked på at tage tilbage til Israel "i et stykke tid".
Det siger kilder i det tyrkiske udenrigsministerium til Reuters. Det sker, efter at israelske styrker har dræbt over 60 palæstinensere under uroligheder på grænsen til Gaza.
Ambassadør Eitan Naeh blev tirsdag eftermiddag kaldt til Tyrkiets udenrigsministerium i Ankara og bedt om at "vende hjem til sit eget land i et stykke tid".
Tyrkiet har også kaldt dets ambassadør i Tel Aviv hjem til konsultationer. Det siger den tyrkiske kilde, som ikke ønsker at få sit navn frem.
Iran siger, at israelske embedsmænd og beslutningstagere bør retsforfølges for krigsforbrydelser.
- Drab på kvinder, børn og forsvarsløse folk fra Palæstina er sammen med besættelsen af palæstinensiske områder blevet en hovedstrategi for zionisterne gennem den 70 år lange besættelse, siger Bahram Ghasemi, det iranske udenrigsministeriums talsmand.
Han opfordrer det internationale samfund til at handle øjeblikkeligt og retsforfølge Israels ledere som "krigsforbrydere ved internationale domstole".
Mindst 60 palæstinensere blev dræbt, og tusinder blev såret under uroligheder ved Israels grænse til Gaza mandag, da USA's nye ambassade i Jerusalem blev indviet.
Den iranske præsident, Hassan Rouhani, kritiserer ambassadeåbningen og USA's udtræden af atomaftalen mellem Iran og andre stormagter.
Den tyske forbundskansler, Angela Merkel, siger tirsdag, at EU's relationer til USA er blevet svækket, efter at den amerikanske regering har forladt atomaftalen med Iran.
I en tale til Konføderationen af Tyske Fagforeninger, DGB, fastslog Merkel, at Europa ikke er blind i forhold til Irans aktiviteter. Men at hun stadig tror på, at en overholdelse af atomaftalen er den bedste vej fremad.
Frankrigs udenrigsminister, Jean-Yves Le Drian, siger, at situationen i Mellemøsten er sprængfarlig, og at en krig måske kan bryde ud.
- Frankrig beder alle aktører om at vise ansvar og undgå eskalering, siger han.