Danske Andreas Cornelius sad ude med en skade, da Atalanta spillede 1-1 mod Apollon fra Cypern.
Everton smed torsdag sidste mulighed for at gå videre fra gruppespillet i Europa League væk, da englænderne tabte 0-2 til franske Lyon.
Holdet har nu et enkelt point efter fire kampe, og da Lyon og Atalanta har otte point, så kan Everton ikke længere nå en af de to øverste placeringer, der giver avancement fra gruppen.
Everton har ikke vundet en kamp siden 23. september, hvor det blev til 2-1 over Bournemouth i Premier League.
Men efter Liverpool-klubben nu har udspillet sin rolle i Europa League, kan den midlertidige træner i klubben, David Unsworth, nu fokusere på Premier League, hvor klubben ligger i den tunge ende som nummer 18.
Det var ikke meget, Everton havde at byde på i første halvleg af opgøret.
Der stod Lyon på det meste, og hjemmeholdet havde flere forsøg, men scoringerne udeblev. Everton havde kun en enkelt afslutning, men den var ikke inden for rammen.
Everton meldte sig lidt mere ind i Europa League i anden halvleg og begyndte at satse mere, hvilket gjorde dele af halvlegen mere underholdende end den første.
Men på trods af Evertons anstrengelser, så gik det galt efter 68 minutters spil.
Mellem to Everton-spillere dukkede Bertrand Traore op og modtog en stikning, og efter et langt træk væk fra målmanden kunne han sikkert sætte bolden ind til en Lyon-føring.
Otte minutter senere gjorde Houssem Aouar det kun værre for Everton, da han satte sidste fod på scoringen til 2-0.
I det 88. minut lukkede og slukkede Memphis Depay for Evertons europæiske drømme, da han på et indlæg headede bolden i nettet til 3-0.
I den anden kamp i gruppe E spillede Atalanta på udebane 1-1 mod Apollon.
Danske Andreas Cornelius sad ude for Atalanta med en skade, men han kunne se sin slovenske holdkammerat Josip Ilicic score på straffespark efter 35 minutters spil og bringe italienerne foran.
Den føring varede de 90 minutter ud, men fire minutter inde i overtiden scorede Apollons Emilio Zelaya til 1-1 på et hovedstød efter et indlæg.
Det uafgjorte resultat betyder, at Apollon med sine tre point stadig kan nå at indhente Atalanta og Lyon, der begge har otte point, med to kampe igen.