Anholdelsen sker få dage efter en mordbrand på Vestbredden, hvor en lille palæstinensisk dreng omkom.
Israelsk politi har anholdt højrefløjsaktivisten Meir Ettinger, som er leder af en jødisk gruppe, for "aktiviteter i en jødisk ekstremistisk organisation".
Det oplyser en talsmand for den nationale efterretningstjeneste Shin Bet til nyhedsbureauet AFP.
Anholdelsen kommer få dage efter en mordbrand mod en palæstinensisk familie og dagen efter, at den israelske regering har sagt, at også israelere fremover vil være omfattet af en udskældt praksis for "administrative varetægtsfængslinger".
Hidtil har Israel kun anvendt denne praksis over for palæstinensere.
Politiets talsperson uddyber, at Ettinger er mistænkt for "nationalistiske forbrydelser", men højrefløjsaktivisten knyttes ikke direkte til drabet på en halvandet år gammel palæstinenser i en mordbrand fredag.
Drengens mor og ældre bror var i kritisk tilstand efter branden, som har uløst uro og stor vrede i de israelsk besatte områder.
Jødiske bosættere menes at stå bag mordbranden, som premierminister Benjamin Netanyahu har fordømt og kaldt en "terrorhandling".
Ettinger er barnebarn af Meir Kahane, som dannede den racistiske antiarabiske bevægelse Kach, og som blev dræbt i 1990 i New York.
Israelske medier mener at vide, at han var hjernen bag en anden brandstiftelse 18. juni mod et skrin i det nordlige Israel, hvor kristne mener, at Jesus har udført mirakler med brød og fisk.
Den unge højrefløjsekstremist skulle møde i retten tirsdag i forbindelse med hændelsen midt i juni.
I januar blev han forbudt adgang til Vestbredden i et år "på grund af sine aktiviteter", siger Shin Bets talsmand.