Udenrigsministrene fra de to lande siger, at de vil sørge for "midlertidigt ophold til bådflygtninge."
Malaysia og Indonesiens regeringer udsendte onsdag en fælles erklæring om, at "de vil fortsætte med at yde hjælp til omkring 7000 bådflygtninge, der driver rundt på havet i regionen."
Udenrigsministrene fra de to lande siger efter et møde, at de er enige om at sørge for "midlertidigt ophold til bådflygtningene."
- Men det internationale samfund må så hjælpe med at give flygtningene permanent ophold inden for et år, hedder det i en fælles erklæring fra Malaysias udenrigsminister, Anifah Aman, og hans indonesiske modpart, Retno Marsudi.
Samtidig appellerer Malaysia til det internationale samfund om hjælp.
- Jeg opfordrer indtrængende alle private hjælpeorganisationer til at hjælpe disse rohingya-bådflygtninge, siger Malaysias indenrigsminister, Ahmad Zahid Hamidi.
- Selv om det er et migrant-samfund, som forsøger at komme ind i landet illegalt, så vil vi tage hensyn til deres trivsel, siger han.
Der blev onsdag fundet en båd med omkring 300 bådflygtninge ud for Indonesiens kyst. Båden er den, som har været savnet i tre døgn, hvor den har drevet rundt mellem Thailand, Malaysia og Indonesien.
Skibet blev sidst eskorteret ud i internationalt farvand af Thailands flåde, som gav de ombordværende mad og vand.
Den Internationale Organisation for Migration (IOM) har tidligere kritiseret de regionale regeringer i det sydøstlige Asien for at "spille maritimt pingpong" med migranter og derved bringe dem i nye livsfarlige situationer.
FN's generalsekretær, Ban Ki-moon, udtrykte tidligere på ugen dyb bekymring over rapporterne om, at nogle lande i det sydøstlige Asien har afvist at tage imod desperate bådflygtninge, som har drevet rundt på havet i lang tid.
En meget stor del af bådflygtningene er rohingya-muslimer fra Myanmar, hvor det buddhistiske flertal betragter dem som illegale immigranter fra Bangladesh.