EU's tvungne omfordeling af 120.000 flygtninge blev vedtaget under voldsomme skænderier i september 2015.
EU's omfordeling af flygtninge ved brug af tvungne kvoter er lovlig.
Det fastslår EU-Domstolen onsdag i en dom. Dermed afviser domstolen klager fra Ungarn og Slovakiet, der har forsøgt at få den omstridte ordning kendt ulovlig og annulleret.
- Med dagens dom afviser domstolen i sin helhed sagen, der er rejst af Slovakiet og Ungarn, hedder det i en pressemeddelelse fra EU-Domstolen.
Domstolen skriver, at omfordelingen "faktisk bidrager til at gøre det muligt" for Grækenland og Italien at håndtere migrationskrisen.
Det er en "forholdsmæssig" mekanisme, mener domstolen.
Ungarn og Slovakiet har under retssagen sagt, at der først og fremmest er brugt et forkert retsgrundlag for beslutningen om omfordelingen.
De to lande mener også, at omfordelingen blev trumfet så hurtigt igennem, at der skete en masse alvorlige fodfejl undervejs.
Omfordelingen blev vedtaget som et midlertidigt tiltag i en nødsituation efter EU-traktatens artikel 78.
Den fastslår, at EU's ministerråd kan "vedtage midlertidige foranstaltninger" til fordel for medlemslande, der rammes af "pludselig tilstrømning af tredjelandsstatsborgere".
EU-Domstolen fastslår, at det er det rigtige retsgrundlag.
- Artikel 78 gør det muligt for EU-institutionerne at vedtage alle de midlertidige foranstaltninger, der er nødvendige for at reagere effektivt og hurtigt på en nødsituation, der er karakteriseret ved en pludselig tilstrømning af fordrevne personer, mener domstolen.
EU's tvungne omfordeling af 120.000 flygtninge i løbet af to år blev vedtaget under voldsomme skænderier i september 2015.
Beslutningen blev truffet, da migrationskrisen var på sit højeste. Grækenland og Italien var ved at vælte under presset. Derfor skulle flygtningene omfordeles.
Tjekkiet, Slovakiet, Ungarn og Rumænien var imod. Men de blev stemt ned i en flertalsafgørelse. Det har siden splittet EU-landene i bitter strid.
Tidligere samme måned havde EU vedtaget en frivillig omfordeling af 40.000 flygtninge.
Indtil nu er der kun blevet omfordelt 27.645 flygtninge under den tvungne toårige ordning.
Men EU-Kommissionen tror, at alle, der opfylder betingelserne for at blive omfordelt, også vil ende med at blive det inden for tidsfristen.
Det skyldes, at behovet ikke er nær så stort som oprindelig forventet.
Ordningen med den midlertidige omfordeling udløber 26. september 2017.
Alle flygtninge, der ankommer senest den dag og opfylder betingelserne, skal efter planen omfordeles.
Danmark står på grund af retsforbeholdet uden for omfordelingen af flygtninge i EU.