De to lande har i cirka et år været i strid om et amerikansk antimissilsystem, der er placeret i Sydkorea.
Sydkorea og Kina er gået med til "hurtigt" at normalisere alle former for samarbejde og handel.
Den nye aftale er indgået efter en længere krise mellem de to lande, som følge af at USA har opsat et antimissilsystem i Sydkorea.
Sydkoreas udenrigsministerium oplyser i en pressemeddelelse, at de to lande er blevet enige om at opbløde forholdet.
- Begge sider deler synspunktet, at styrkelsen af samarbejdet mellem Sydkorea og Kina er i vores fælles interesse. Vi er enige om, at vi hurtigt skal bringe samarbejdet på alle områder tilbage til normal hastighed, står der i meddelelsen.
Sydkoreas præsident, Moon Jae-in, vil holde et møde med Kinas præsident, Xi Jinping, under det kommende stormøde i Apec, som er en samarbejdsorganisation for landene omkring Stillehavet.
USA har opstillet et avanceret raketværn i Sydkorea, Thaad, som skal kunne nedskyde nordkoreanske raketter. Men Kina har reageret med vrede i frygt for, at de tilknyttede radarer kan bruges til at spionere mod Kina.
Sydkorea og USA har sagt, at Thaad-systemet kun skal bruges til at forsvare mod den stigende missiltrussel fra Nordkorea.
Det kinesiske udenrigsministerium gentager sin bekymring i en pressemeddelelse. Men det skriver også, at det anerkender Sydkoreas bekymring.
I meddelelsen står der desuden, at Kina håber, at Sydkorea kan håndtere spørgsmålet på den rigtige måde.
Sydkoreanske virksomheder, som fører forretning i Kina, har lidt under krisen mellem de to lande.
Værst er det gået ud over Lotte Group. Konglomeratet har udbudt det jord, hvor Thaad-systemet er blevet opsat.
Lotte Group er blevet ramt så hårdt, at det er forventet, at det sælger sine kinesiske supermarkeder. Angiveligt vil de blive solgt for en brøkdel, af hvad de er vurderet til.